仲玄由于身份原因不再担任内务部队总长之外，日向族长和水户门炎均一步登天，成为中央大员；而纲手则自然是执掌医疗领域的不二人选，所以这些部门任命倒也没有令人意外的地方。
就连秋道取风也在忍界部门设置中得到了一个新设立的安全监管署的署长职务，这也让猪鹿蝶三族得以松了口气。
哪怕是只有监管权的二级部门，但好歹在忍界政府有一席之地了，猪鹿蝶三族从此不用担心家族就此没落了。
而且，以奈良、山中两族的聪明脑瓜，他们也有自信能在新秩序里逐渐摸到门路从而平步青云！
忍界政府的部门设置和人员安排基本完成之后，宇智波德光开始对忍界各地之忍军进行统一整编。
即便是和堪称叠床架屋、冗官冗兵之极的警务部相比，幕府和木叶的忍军体系也算是非常杂乱的。
幕府将军时期，宇智波德光麾下有幕府直属忍军、四大边境防御部队、联合反恐部队、海军舰队、占领区驻防忍军、涡之国留守部队、雾隐义从、雨忍村征召忍者、联合公司雇佣忍者等；就连木叶也有警务巡逻部队、常备纵队和预备纵队等。
再加上如今投降的云隐、岩隐忍者及其忍军建制，风之国砂隐忍者的各部忍军……五花八门叠加起来足以令人眼花缭乱。
所以为了统一军权，宇智波德光必须对各部忍军进行完全整编。同时，他还要确立的就是‘军政分离’原则，也就是忍军从此不再干涉地方政务，而这也是他之所以委任那些强者出任地方政务官的原因之一。
除此之外，所有的忍军亦将由宇智波王朝之大皇帝也就是宇智波德光及其直系继承人直接统领，将其与忍界政府完全分割开来。
第一个完全裁撤的是四大边境防御部队的名号，由于忍界一统，自然也不再需要所谓的边境防务，于是原边境防御部队合并为王朝陆军防卫第一军，下辖八个联队，每个联队下辖一千名忍者，但由于忍界初定，所以这些陆军联队只是更换了名
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