朱元璋改大宗正院为宗人府，命朱棣担任右宗正。
洪武二十三年正月，朱元璋命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北。山西的军队归晋王节制。燕王率傅友德等出古北口，侦知北元太尉乃儿不花等驻牧迤都，遂麾师前进。这时适逢大雪，诸将欲待雪止再进军。
朱棣却认为天降大雪，敌军必然意料不到明军将至，应当乘雪速进。大军进抵迤都，与元军仅隔一沙碛，竟未被发觉。虽以重兵压境，朱棣仍欲智取。派部将观童前往敌营劝降。观童与乃儿不花是旧识，正在劝降时，明军已大败元军，乃儿不花想乘马逃走，观童告诉他这是燕王的军队，不必害怕，邀请乃儿不花一同到明军营帐中请降，果然被设酒款待，乃儿不花深受感动，便带领部落和马驼牛羊，一起归降了明军。捷报传到京师，朱元璋高兴地说：“肃清沙漠者，燕王也！”自后，朱棣威名大振，更受倚重，屡次被朱元璋授命参与北方军事，节制士马。
诸王之中，以晋王、燕王最被倚重，洪武二十四年，朱元璋命朱棣率颍国公傅友德出征，收捕番将阿失里等人。洪武二十六年（1三月，洪武帝命晋王节制山西、燕王节制北平各卫将士，凡军中事务，都要启奏朝廷和晋王、燕王。洪武二十九年三月，朱棣率军北征至彻彻儿山，擒敌将孛林帖木儿等数十人，又追击至兀良哈秃城，遇敌哈剌兀，打败敌军凯旋。
洪武三十一年晋王死后，朱元璋命朱棣节制北平都司、行都司、辽东都司及辽府护卫兵马，令他总率诸王防备边患。
朱元璋立长子朱标为太子，随着时间的发展，引起诸王，特别是秦、晋、燕王的不满。他们之间早已开始了明争暗斗。洪武二十三年，朱棣招降乃儿不花后，晋王忌惮朱棣的功劳，到太子朱标处发告朱棣不听自己的约束“劳师冒险”，使朱标将此事汇报给洪武帝。朱棣入朝，晋王又言语冒犯朱棣，还派人在燕王府内监视，搜求朱棣的“国中细故”，燕王每入朝，太子“数
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