上直十六卫裁撤，京师周围乃至北直隶一些拱卫帝都的卫所全部裁撤，甚至这种动荡还牵连到了三大营，由于三大营的不作为，皇帝同样下了一道圣旨给新任兵部侍郎，京营协理绒正的孙承宗，裁汰老弱，精简编制，整顿新军。
这种大动作一开展顿时鸡飞狗跳，裁减军队编制历来都是一种比较危险的活动，一个不好就会闹出哗变，因而一般都是需要其他军队去弹压的。羽林军正在全力训练新兵，扩充编制，没有空。
因而，这个任务就落到了由戚金和俞咨皋整顿后，从腾襄四卫、四卫营、勇士营等御马监禁军精选出来的一万人马身上。这些禁军当中最能战的那些虽然在红丸政变当晚损失殆尽，但剩下的依然还有一战之力，何况这些还是精选出来的、忠心能够保证精壮，配上武器后，虽然打不赢羽林军，但欺负欺负三大营以及堕落腐朽的卫所还是没问题的。
当下，由戚金主持的裁撤卫所活动轰轰烈烈的开展了，于此同时，俞咨皋带领三千人，配合孙承宗也开始了三大营的精简活动。民间是火热的征兵，军中是沸腾的裁员，喧嚣冲天的气氛，让万历四十八年的最后一个月充满了兵革的味道，也让这个新年平添了一分杀气。
卫所有田地，三大营有固定的饷银，同样，还有侵占军户田地的卫所将官，以及这吃空饷的三大营将领，不论是上层还是中层，乃至和军中有着千丝万缕联系的勋贵，几乎无不反对。然而，在叛乱的凌然大义之下，所有的反对和借口都是那么的苍白。
红丸政变虽然让朱由校的登基充满了波折，但渡尽劫波后，却让朱由校有了一手很好的开局牌，挥舞着这个旗子，他几乎所向披靡。
朱由校很明智，卫所的土地他全部都收为皇庄，然后允诺，到时候同样分给那些已经成为农夫的军户们耕种，而且和其他皇庄一样，免租子。皇庄免租这样的天上掉馅饼的好事情，早就在佃户中传遍了。
以往大户人家、地主家的佃户对皇庄的佃户都有种幸灾乐祸，比起受尽欺凌
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