性质的内三院。虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。
此外，在机构设置上也作了相应的改革和进一步完善。皇太极对议政王大臣会议这个机构作了调整，议政王大臣会议从此有了固定的程式，也更成了**主义皇权的工具了。
皇太极又成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。为了处理蒙古事务曾设的蒙古衙门，现改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。
皇太极更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。
第三就是完善满清的军制。
皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机。而八旗旗主的很大一部分权力，也被皇太极逐渐剥夺了。
为此，皇太极做了两个重要的步骤：
一是对满洲八旗不断补充新的成员。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。由于这批少数民族大多数处在渔猎氏族的时代，他们还保留着很强的野性，所以很快成为了满清军队的主力。
二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。尤其是蒙八旗和汉八旗都是由皇太极直接指挥的，这又增强了皇太极在满清之中的军事地位。
这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了满清的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有着重要意义。
第四是内政的完善。
为使国家统治久远，皇太极虽没有改变掠夺财富的手段，但却更注意发展本地区的生产了。他称帝
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